主要包括：系谱分析.用于研究决定人类性状或疾病的基因的传递规律.数理统计.通过群体的调查和系谱分析并将获得的资料经过数学处理,可以测定人类某些性状或疾病基因的分布频率,了解其传递规律及与种族、群体、环境、迁移、婚配方式之间的关系.细胞遗传学方法.染色体技术和人类性染色质（X染色质和Y染色质）的研究结果可广泛应用于染色体异常疾病的诊断、性别鉴定、产前诊断和遗传咨询等.医学细胞遗传学的研究为人类遗传学积累了大量的资料（见核型）.体细胞遗传学方法.在人类基因定位中得到广泛的应用,也常应用于肿瘤遗传学的研究.生物化学方法.层析、电泳、色谱分析、同位素示踪等被广泛应用于先天性代谢缺陷、血红蛋白异常和各种综合征的研究.这些方法非但可应用于出生后成长过程中的个体,也可以应用于孕妇羊水及其脱屑细胞的产前诊断,以便在孕期中就去除先天性代谢异常的胎儿,这对预防遗传疾病有重要意义.免疫学方法.人类体细胞免疫学特性的研究是人类遗传学的重要内容.它为同种异体脏器的移植提供了理论基础,同时也可揭示它与某些遗传性疾病发生的关联.并为阐明免疫球蛋白的多样性来源问题开辟了新的途径.双生儿法.通过双生儿之间的异同对比研究遗传和环境对个体表型的相对效应的方法,它是人类遗传学研究中的经典方法.